支原體感染的治療主要采用抗生素和中藥；常用的抗生素有四環素、紅黴素、林可黴素，但使用抗生素後，容易產生耐藥性和抗藥性。
中藥治療，如利尿藥、消炎丸等，可以克服這壹缺點。此外，治療期間應禁止性交，同時對夫妻雙方進行檢查。無論癥狀如何，陽性結果的患者都應接受治療。