由於漢文化對日本的影響，因此，在日本明治維新以前，單就醫藥來說，壹直是以漢醫藥為主導。早在南北朝時的公元552年，我國就給日本送去《針經》壹套。公元562年，吳人知聰又攜帶《明堂圖》和其他醫書164卷東渡日本，對該國後來古代醫學，尤其是針灸醫學的發展，產生重要影響。迨至公元608年，日本天皇派遣藥師惠日、倭漢直福因等來華學醫，並於公元623年學成回國，隨船帶回《諸病源候論》等重要醫籍。
中日大規模的醫藥交流始自唐朝。武則天大足元年(公元701年)，日本制定的醫藥職令——《大寶律令·疾醫令》，就基本以我國唐代醫藥制度作為藍本。《疾醫令》規定，醫學生學習醫藥，都要以《素問》、《黃帝針經》、《明堂脈訣》、《甲乙經》、《新修本草》等中國醫典為必讀課本。唐玄宗開元二十壹年(公元733年)，日本僧人榮睿、普照等隨遣唐大使前來中國留學。唐玄宗天寶元年(公元742年)，榮睿、普照的足跡又隨小原來到揚州，當時正在大明寺裏講律的鑒真和尚，有感於他們的—再邀請，下決心東渡日本講學。鑒真除佛學外，兼明醫學，因此，有不少日本人士請鑒真診病。其後於公元805年，又有日本醫家營原清在我國學成回國，再壹次把我國醫藥帶回了日本。