歸經以臟腑經絡理論為基礎，以所治療的具體疾病和證候為依據。經絡可以溝通人體內外，體表的疾病發生時可以影響內臟；內臟病變也可以反映在體表。因此，通過經絡可以系統地了解人體各部位病變的證候。如肺經病變，每次看到哮喘、咳嗽等證候；肝經病變、脅痛、驚風等證候；心經病，每次看到頭暈，心慌等證候。根據藥物的療效，緊密結合病機、臟腑經絡，可以說明壹種藥物在某些臟腑經絡疾病中起著主要的醫療作用。如桔梗、杏仁可治胸悶、氣喘、咳嗽，入肺經；全蠍能抽動，歸肝經；朱砂能安神，歸心經。這說明歸經理論是專門指出功效的，是從療效觀察中總結出來的。