正確選擇抗生素是治療支原體肺炎成敗的關鍵。因為支原體藏在細胞內，而青黴素類和頭孢菌素類在細胞內的濃度很低，而且這兩種抗生素是通過破壞其細胞壁來殺死細菌的，而支原體沒有細胞壁，所以上述兩種抗生素是“無能為力”的。臨床應用證明，紅黴素細胞內濃度高，能殺死支原體，但紅黴素副作用大。近年來，阿奇黴素被用來代替。後者作用時間長，每天只需服用壹次，副作用相對較少。壹般需要服藥2 ~ 3周，否則容易復發。
最好是在服用抗生素的同時使用中藥，因為中藥不僅針對支原體感染，還可以調動機體的免疫功能，促進祛痰，增強呼吸功能。常用藥物如炙麻黃、杏仁、石膏、黃芩、射幹、蟬蛻、僵蠶、前胡、沙參等。
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