人力資源和社會保障部基本上只負責這兩個認證中的考試，而衛計委(原衛生部)和食品藥品監督管理局由於部委之間權責矛盾，實際上互不承認對方在各自領域資格的有效性。簡單來說，在食品藥品監督管理局管理的醫藥企業、社會藥店等領域，執業藥師資格是有用的，而在醫院藥學領域，妳的工資和職稱必須按照衛計委的規定晉升，這個職稱在非事業單位的社會企業是沒用的。
當然，根據十二五規劃，醫院也要在2015年底前配備執業藥師。以後執業藥師可能算是全行業的資格，藥師資格還是事業單位(公立醫院)的職稱。當然，這取決於CFDA權力的變化。