1、標誌不同：
國藥準字：是藥品生產單位在生產新藥前，經國家食品藥品監督管理局嚴格審批後，取得的藥品生產批準文號，相當於人的身份證。
衛食健字/國食健字：是保健食品在不同時期分別由衛生部和國家食品藥品監督管理局批準的產品批準文號，衛食健字是國家衛生部2003年及以前的批準號，自2004年國家成立了食品藥品管理監督局後，衛食健字號壹律要重新審批轉為國食品健字號。
2、格式不同：
國藥準字其格式為：國藥準字+1位字母+8位數字，其中化學藥品使用的字母為“H”，中藥使用的字母為“Z”等等。只有獲得此批準文號，藥品才可以生產、銷售。
衛生部對審查合格的保健食品發給《保健食品批準證書》，安發牌甘諾寶力膠囊（甘諾寶力O+）的批準文號為“衛食健字（2003）第0006號。”獲得批準證書的保健食品準許使用衛生部規定的保健食品標誌。
3、作用不同：
對於藥品，現在國家規定統壹使用的批準文號是“國藥準字”號，即平常所說的“藥字號”。根據國家藥監局規定。
保健品的批準文號則是“衛食健字”或“國食健字（）第××號”。其中2003年以前通過審批的批號是“衛食健字”，2003年以後通過審批的批號是“國食健字”。
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