服用益生菌時，不能和抗生素、消炎藥壹起服用，因為這些藥物同時殺死了益生菌，益生菌就白吃了。
益生菌不能和吸附劑壹起服用，比如蒙脫石散，矽碳銀。這些藥物吸附腸道中的有害細菌以及有益細菌。如果壹定要服用有益菌和這些藥物，那麽先服用壹種藥物，2小時後再服用另壹種藥物。