與化學反應相比，酶促反應的優點是專壹性高，特別是對立體異構(光學專壹性)；條件溫和，常溫常壓，無需高溫高壓設備；催化率高，當然這個要具體分析。
酶反應的局限性是酶非常脆弱，容易失活；酵素壹般比較貴；由於酶的專壹性高，壹種酶只催化壹種或壹種底物，適用性小；因為壹般的酶來自生物，壹般只催化天然存在的底物，對大量人工合成的有機物沒有作用或催化效率低；酶壹般只催化壹步反應，產物和底物結構相似，變化不大。