中國藥典2005年版分為壹部、二部和三部。藥典壹部包含藥材及飲片、植物油及提取物、處方制劑、單味制劑；藥典第二部包含化學藥品、抗生素、生化藥品、放射性藥品和藥用輔料。藥典第三部載有生物制品，首次將我國生物制品的規定納入藥典。本版藥典根據中藥、化學藥和生物制品的特點和實際情況，積極開展了藥品標準淮檢方法的研究；同時，要註意與國際標準的逐步接軌和國家標準的統壹，各部附錄之間的協調，文字品種與附錄的相互銜接和用詞的規範，使這壹版藥典更加嚴謹和完善。
中國藥典(2005年版)記載品種大增，* * *記載3214種，其中新種525種。藥典壹部包含1146種。其中新增154種，修訂453種。藥典二部收載1967種，包括327個新種和522個修訂種。藥典三部包含101個種，其中新種44個，修訂種57個。《中國藥典》2000年版收載而本版未收載的* * *有9種。有123種* *在2000年版《中國生物制品規程》和2002年增補本中有記載，但藥典中沒有收錄。本版藥典收錄的附錄也大幅增加，第壹版藥典附錄98個，其中新增12個，修訂48個，刪除1個。藥典二部137部，其中新增13部，修訂65部，刪除1部。藥典三部共140部，其中新增62部，修訂78部，刪除1部。第壹部分、第二部分和第三部分采用的附錄在各部門收集並協調-