臍腐病是由水分供應不平衡、缺鈣、缺硼引起的生理性疾病。壹般第壹穗結果後，植株處於旺盛生長階段。遇到幹旱，特別是溫室栽培，為了防止灰黴病或菌核病的發生，采取減濕栽培措施。當葉片需要消耗大量水分進行蒸騰時，果實中的水分，尤其是臍部的水分被葉片帶走，導致果實內部水分失衡，阻礙了果實的生長發育，形成臍腐病。還有，由於氮肥的偏施，植株氮素營養過剩，生長過快，使番茄不能從土壤中吸收足夠的鈣和硼，導致臍細胞生理紊亂，失去控制水分的能力，產生臍腐病。有時候沿河的沙壤土因為土壤含鹽量高，容易造成缺鈣的生理傷害。壹般如果土壤中硼含量低於0.5ml/L或者果實中鈣含量低於0.2%，就容易引起臍腐病。
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