1.地點:南京基地位於江蘇省南京市江寧區，南昌基地位於江西省南昌市青山湖區。兩個基地的地理位置不同。
2.科目設置:南京基地和南昌基地的科目設置略有不同。南京基地有藥學、中藥、生物技術、藥物分析等專業，也有藥事管理、工商管理等非藥學專業，南昌基地有藥學、中藥、醫學檢驗技術等專業。
3.基礎設施:兩個基地的校園建築和教學設施存在差異。
4.人數:由於基地規模和專業設置的差異，南京基地和南昌基地的招生人數會有所不同。