除了飲食調整，還可以選擇合適的藥物進行治療。可以口服的益生菌，如雙歧桿菌、乳酸菌等，可以改善消化功能。也可增加胃腸蠕動的藥物，如莫沙必利、西沙必利、多潘立酮等。此外，中成藥也可用於調理，如保和丸、嗎丁啉、吳梅丸等。但要註意在醫生指導下用藥，避免使用不當，引起不良反應，加重胃腸道不適。
對於胃腸道消化不良的人，除了飲食調理和藥物治療外，還建議每天飯後適當活動，促進胃腸蠕動，也能改善消化不良。