山東中醫藥大學附屬醫院有:山東中醫藥大學附屬醫院、山東中醫藥大學第二附屬醫院、山東中醫藥大學附屬眼科醫院、濟南市中醫院、淄博市中醫院、臨沂市中醫院、煙臺市中醫院、山東省文登市骨病醫院、威海市中醫院、日照市中醫院、 泰安市中醫院、濟寧市中醫院、莒縣中醫院、濟南市章丘醫院、青島市即墨醫院。
學校有17個教學機構、5個科研機構、4個教學輔助機構，包括山東中醫藥大學附屬醫院、山東中醫藥大學第二附屬醫院、山東中醫藥大學眼科醫院、12個非直屬附屬醫院、31個教學醫院。目前，山東研究生聯合培養基地16個，國家級中醫住院醫師規範化培訓基地17個，國家級實驗教學示範中心1個，國家級大學生校外實踐教育基地1個。