即使在藥物流產過程中沒有引起大出血，殘留的胎膜組織也會影響以後受精卵的著床，導致不孕。
感染的風險
如果藥物使不出來，可能會引起炎癥感染、子宮內膜炎、輸卵管炎、盆腔炎，甚至會影響以後的生育能力。
月經不調
藥物流產通常會影響身體本身的激素水平，從而導致月經不調。藥物流產最大的副作用是容易造成流產不全，需要刮宮手術，容易誘發術後感染，導致繼發不孕。未經授權使用藥物也可能導致更嚴重的後果。
感染的風險
因為藥流出血時間長，宮頸口長時間松弛，給了細菌可乘之機，容易感染。如果藥流不幹凈，就會出血不止。如果感染了，可能會導致白帶異常，腹痛。