第壹，由於醫學的發展，需要進壹步補充和修訂《本草綱目》的不足之處，如趙學敏的《本草綱目補遺》。
其次，根據臨床需要，本著實用的原則，提取《本草綱目》精華，編成重要本草，如的《本草綱目》、吳的《本草從新》、黃公修的《本草求真》。
第三，受考據之風的影響，《神農本草經》是由古代文獻重新編輯而成，如孫星衍、顧光觀的版本。或註釋本經，如張魯的本元、鄒舒的本正。
第四，清代大量的本草專著也為綜合本草學提供了新的內容。
第五，清代專書本草門類齊全，其中不乏佳作。