兩者都是全國統考。藥師考試是由衛生部門組織的藥學職稱考試，主要在醫院藥房等醫療單位從業，包括藥師、主管藥師、副藥師、主任藥師。
執業藥師屬於藥監系統，執業藥師的考試由人事考試中心負責，執業藥師也是國家承認的證書，主要在藥店等藥品經營單位工作。
藥店等藥品經營單位需要執業藥師，所以執業藥師側重於藥店等藥品經營單位的工作，壹般不能作為報考醫院的依據。
醫院工作壹般需要初級藥師，主要在醫院。
在大部分地區，執業中藥師可以銷售中藥和西藥，而執業西藥師只能銷售西藥。