李時珍在藥物分類學上取得了極大的進展。他把1892種藥分成16部62類。就植物而言，他把1195種藥分成5部30類，其中包括草部(分山草、芳草、隰草、毒草、蔓草、水草、石草、苔、雜草)、谷部(分麻麥稻、稷粟、菽豆、造釀)、菜部(分葷辛、柔滑、菜、水菜、芝)、果部(分五果，山果、夷果、味果、果、水果)、木部(分香木、喬木、灌木、寓木、苞木、雜木)等。