目前已完成全基因組測序的物種主要可分為三類:模式物種、農作物和經濟作物、具有藥用價值的物種。在模式物種中，眾所周知，擬南芥、果蠅、斑馬魚、小鼠、大鼠等；農作物和經濟作物如下:水稻、玉米、大豆、白菜、大白菜、高粱、黃瓜、西瓜、馬鈴薯、番茄、擬南芥、楊樹、麻瘋樹、蘋果、桃、葡萄、花生；目前主要有壹些真菌，如靈芝、茯苓，還有壹些藥用植物，如丹參、長春花。