藥房藥品按照藥店的經營範圍分類存放。根據國家規定，藥品有11類，如中藥材、中藥飲片、中成藥、化學原料藥及其制劑、抗生素、生化藥品、放射性藥品、血清、疫苗、血液制品、診斷藥品等。如有中藥飲片、中成藥、化學原料藥及其制劑、抗生素等。在藥店的經營範圍中，不能交易生物制品。
藥店在對藥品進行分類時要把握八個原則:1。將毒品與非毒品分開；2.處方藥(Rx)與非處方藥(OTC)分開；3.將內服藥和外用藥分開；4.易聞的毒品與壹般毒品分開；5.拆下的藥品應集中存放；6.危險品不能展示；7.批號相近或不同的藥品包裝應分開；8.特殊藥品應分開存放。
抗生素是處方藥，分為青黴素類、β-內酰胺類、氨基糖苷類和大環內酯類。分類應以“藥品名稱”為依據進行分類和儲存，不能以“商品名”為依據。