1，創辦時間不同:南京同仁堂，歷史悠久，前身是北京同仁堂京都樂家老鋪南京分店，1926在南京開業。北京同仁堂於1669年(清康熙八年)創辦同仁堂大藥房。
2.主營業務不同:北京同仁堂奠定了西制中藥的基礎，以中成藥為主要產品，是集現代醫藥產業、零售商業、醫療服務為壹體的現代中藥集團。
3.歷史發展不同:北京同仁堂1669(清康熙八年)，樂顯揚創辦同仁堂大藥房。北京同仁堂科技發展有限公司成立於2000年5月。
南京同仁堂藥業有限公司在南京開業1926；1955更名為公私合營南京同仁堂國藥股份有限公司；1957被命名為南京同仁堂制藥廠；1998，南京同仁堂藥業有限公司改制成立。