中藥鑒定學—藥用植物學是學習中藥鑒定學的壹門重要專業基礎課。中藥鑒定學壹般從四個方面對藥材進行鑒定，即原植物鑒定、性狀鑒定、顯微鑒定、理化鑒定，其中前三項鑒定必需具有植物形態、分類和植物解剖學等方面的基礎理論知識和技能。
中藥化學—中藥化學與藥用植物學的關系也比較密切。藥用植物之所以有壹定的療效，就是因為含有能防治疾病的有效化學成分。中藥品種復雜，植物種類不同，其所含成分就不相同醫學教育|網搜集整理。另外，植物的化學成分與植物的親緣關系之間有著壹定的聯系，親緣關系相近的種類往往含有相同的化學成分，因此就可以利用某些化學成分分布在某些科屬植物中這壹規律去研究藥用植物，尋找新的藥用植物。探索各植物類群所含化學成分，探索化學成分在植物分類系統中的分布規律及生物合成途徑，配合經典分類學及其他相關學科，從植物化學角度進壹步闡述植物分類和系統發育，已成為壹項新的科研課題。
中藥學—藥用植物學與中藥學關系密切。用藥要取得良好療效首先要求所用藥物是正品或主流品種。
此外，與中藥資源學和藥用植物栽培學的關系也比較密切。