六味地黃丸以滋陰補腎為主，配方比較溫和，而知柏地黃丸則重用了清火的藥物，兼有滋陰清熱的功效。
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2、成分不同
六味地黃丸主要成份熟地黃、山茱萸(制)、牡丹皮、山藥、茯苓、澤瀉。輔料：黃酒。知柏地黃丸主要成分為知母、黃柏、熟地黃、山藥、山茱萸（制）、牡丹皮、茯苓、澤瀉。輔料為蜂蜜。
3、功效不同
六味地黃丸主治滋陰補腎。用於腎陰虧損，頭暈耳鳴，腰膝酸軟，骨蒸潮熱，盜汗遺精。知柏地黃丸主治滋陰清熱。用於潮熱盜汗，口幹咽痛，耳鳴遺精,小便短赤。
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