1.大學的等級比學院高壹級。溫州醫學院只是地方院校，浙江中醫藥大學至少是杭州的省屬院校，在這裏可以接觸到更多的高層次人才。此外，杭州還有許多歷史悠久的醫光和醫藥博物館。
2.溫州醫學院是綜合性醫學院，浙江中醫藥大學是以中醫為主。目前國家正在大力扶持中醫藥，各種利好政策紛紛出臺。選擇浙江中醫藥大學，可以趕上國家政策的紅利。
3.藥學專業在浙江中醫藥大學既可以學西醫也可以學中醫，而溫州醫學院學中醫比較麻煩。