1.中醫執業藥師既可以管中醫，也可以管西醫，西醫執業藥師只能管西醫。
藥店必須配備執業藥師。如果只賣西藥，只需要壹個西藥執業藥師。如果只賣中藥，只需要壹個中醫執業藥師。中西藥都賣的話，不管有沒有西醫的執業藥師，都要有中醫的執業藥師。所以現在中醫比西醫更受歡迎。也就是說西醫的執業藥師是不能賣中藥的。
2.執業中藥師可以銷售中藥飲品(中藥材)以及處方藥和非處方藥(包括西藥和中成藥)，但執業西藥師不能銷售中藥飲片，所以執業中藥師的執業範圍更廣。目前市場上，西藥師的數量是中藥師的兩倍多，中藥師更是稀缺，中藥師的市場價值更高。