2、辨證施治：傳統中醫強調辨證論治，即針對不同患者的不同癥狀、體質和病理特點，采用相應的方劑進行治療。在防治疫病方劑中，也會根據疫病的不同類型和臨床表現，進行辨證施治，強調因病制宜。
3、重視調和：疫病的發生與人體內部環境失調有關，因此在防治疫病方劑中，往往會選用多味藥物，通過復方組合的方式，達到多方面調和人體內部環境、增強機體抵抗力的目的。
4、綜合應用中西藥：傳統中醫在防治疫病方面，常常會結合中西藥物進行治療。如在明代就有《傷寒雜病論》壹書，將傳統中醫治法與當時西方醫學的流行病學理論相結合，提出了以中醫為主，輔之以西醫的治療思路，這種綜合應用中西藥的思想和方法至今仍然被廣泛使用。