中藥指紋圖譜是壹種綜合的，可量化的鑒定手段，它是建立在中藥化學成分系統研究的基礎上，主要用於評價中藥材以及中藥制劑半成品質量的真實性、優良性和穩定性。“整體性”和“模糊性”為其顯著特點。
中藥指紋圖譜(fingerprinting)是借用DNA指紋圖譜發展而來。最先發展起來的是中藥化學成分色譜指紋圖譜，特別是高效液相色譜(HPLC)指紋圖譜。HPLC具有很高的分離度，可把復雜的化學成分進行分離而形成高低不同的峰組成壹張色譜圖，這些色譜峰的高度和峰面積分別代表了各種不同化學成分和其含量。由此可見，中藥指紋圖譜比DNA指紋圖譜更進壹步的發展在於：不但有特征的體現(各種化學成分的個數和相對位置——保留時間)可作定性鑒別使用，還體現了量的概念。峰的高度和峰面積表示了某個化學成分的含量，而各峰的峰高(或峰面積)的比值體現了各種化學成分間的相對含量；量的概念的引入、定性和定量的結合賦予中藥指紋圖譜更大的功效；中藥指紋圖譜不僅可以進行個體、某物種的“唯壹性”的鑒定，還可以將其“量”的特征和其他體系掛鉤。
因此，中藥指紋圖譜不僅是壹種中藥質量控制模式和技術，更可以發展成為壹種采用各種指紋圖語來進行中藥理論(復雜系統)和新藥開發的研究體系和研究模式。