紅曲既是中藥又是食品。它有許多用途。除了釀造紅酒，它還被用作食品防腐劑。紅曲薄薄地塗在魚和肉上，即使在夏天也能保持風味不變，蛆和蒼蠅也不敢靠近，因為紅米黴菌能分泌出殺菌作用很強的抗生素。因此，宋說它是“神藥”，李時珍說“它是壹個聰明的人看著自然”。也是壹種理想的食品著色劑，無毒，色澤鮮艷，紅色腐乳就是用它著色的。
紅曲還是壹種良藥。李時珍曾指出，可治赤白痢，跌打損傷，消食活血，脾胃燥。