經過40多年的發展，館藏建設已形成了壹個以中醫藥文獻為主、西醫文獻為輔、兼容其它學科的藏書體系。現有館藏書刊55萬冊，其中館藏中醫藥圖書18萬余冊，每年新增紙本文獻4萬余冊；中醫線裝書1600余種，***3350函；其中含珍本、善本100多種及少量孤本，主要以明清兩代刻本為主，許多是醫學經典藏書。作為全國唯壹壹所進入“211”工程建設的重點中醫藥大學圖書館，館藏具有鮮明的中醫藥特色，有關中醫藥、傳統文化方面的圖書收藏較為齊全，並自主開發了《北京中醫藥大學圖書館館藏電子圖書》《北京中醫藥大學研究生論文》等數據庫。我館開發了《中國醫學書目數據庫》，收集了館藏1萬2千余種正式出版和非正式出版的中醫藥圖書資料（包括港、臺地區的出版物），是我國收集中醫藥資料比較全面、檢索功能較多、標準化程度較高的數據庫。 圖書館建立了計算機局域網並和校園網相聯。本館可向讀者提供文獻外借、閱覽、檢索、Internet上網、中醫藥科研課題檢索與查新等服務，同時我館有40余個數據庫供我校師生查訊檢索。