新疆醫科大學中醫學院是新疆醫科大學下屬的副廳級教學單位，是自治區唯壹的高等中醫藥院校。學院自成立以來，壹直致力於中醫藥教育的發展。經過40多年的努力，現已擁有博士、碩士、本科、專科、成人本科和成人專科層次。2000年成功申報中醫方劑學、中醫內科學、中西醫結合臨床實踐、針灸推拿學4個碩士學位授予點；2003年成功申報中醫外科學碩士學位授予點；2005年成功申報中醫碩士學位授予點。目前已有6個研究生學位授予點，成為中醫學院學科建設和發展的良好基礎和可靠保障。
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