1、初審費。每個品種七千元，由省級初審單位收取。
2、復審費。每個品種壹萬五千元，由國家中藥品種保護審評委員會收取。
3、保護品種年費。獲得《中藥保護品種證書》的生產企業在保護期限內每年按復審費的50%向國家中藥品種保護審評委員會交納保護品種年費。
4、同品種質量考核費。申請同壹品種保護的，應向國家中藥品種保護審評委員會交納同品種質量考核費，用於委托藥檢部門進行同品種藥品檢驗以及企業管理情況考核工作的支出，同品種質量考核費最高不得超過二萬元。
5、應國外衛生當局要求，須對出口的中藥品種出具證明，由衛生部委托國家中藥品種保護審評委員會審查的，每個品種每次交納審查費壹百元。