中草藥經采集、加工、炮制後，除少數藥草單獨應用（稱單方）外，大多系配合使用（稱復方）。按照家畜病情需要和用藥原則，將兩種以上藥物適當配合在壹起應用，稱為配伍。獸醫中草藥在配伍後，或起協同作用，或相互抵消、削弱原有的藥效，或減低、消除對方的烈性或毒性。有的藥物配合後也可發生劇烈的副作用。據此而總結的“十八反”、“十九畏”等，都是為了保證用藥安全和保證療效。
方劑系根據壹定配伍原則，以治療方法為依據，選擇適當藥物配合而成。獸醫方劑中的藥味，壹般有“主（君）、輔（臣）、佐、使”之分。獸醫方劑是在長期診療基礎上的經驗總結，經過逐漸固定，並給予壹定的方名，如消黃散、清肺散、通腸芍藥湯等。壹般根據其功效分類，與前述中草藥分類內容相類似。