醫院設有29個臨床壹級科室和18個二級科室，40個專病門診和8個醫技科室。現有6個國家臨床重點專科(老年病、外周血管外科、肝病學、婦科、針灸、臨床藥學)，2個國家中醫藥管理局“十五”規劃重點專科(老年病、外周血管疾病)，5個國家中醫藥管理局“十壹五”規劃重點專科(骨科、針灸、肛腸、高血壓、急診科)。“十二五”重點專科6個(肝病學、婦科、肺病學、耳鼻喉科、護理學、臨床藥學)，教育部重點學科1個(中醫內科學)。國家中醫藥管理局重點學科11(中醫心內科、中醫腦病、中醫腫瘤科、中醫婦科、中醫兒科、中醫針灸、全科醫學、中醫肝膽外科、中醫護理、臨床中西醫結合、中醫預防醫學)，國家中醫藥管理局中藥制劑實驗室1，國家中醫藥管理局首批重點實驗室1。山東省中醫重點專科15個(骨科、中藥制劑及劑型改革基地、周圍血管疾病、肛腸疾病、腎內科、兒科、皮膚科、眼科、外科、血液科、腦病科、內分泌科、腫瘤科、推拿科、風濕科)。山東省教育廳有8個重點學科和實驗室(中醫內科、中醫外科、中醫婦科、中醫兒科、中醫骨傷科、針灸、中藥制劑實驗室、中醫心血管病實驗室)，山東省衛生廳有5個重點學科和實驗室(中醫內科、中醫婦科、中醫血液腫瘤學、中醫心血管病實驗室、中醫腫瘤防治實驗室)。
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