《素問》和《靈樞》本是兩部獨立的著作，兩書名（包括《針經》、《九卷》等名）壹直分別使用，見於歷代正史書目。可是長期以來卻被合稱為《黃帝內經》。這是晉代皇甫謐在沒有史料作證的情況下，只以《素問》九卷與《九卷》（後稱《針經》、《靈樞》）合篇，其卷數與《黃帝內經》18卷數目相同，即以為是《黃帝內經》，致使此兩書長期失去了它們應有的歷史地位。
《素問》和《靈樞》是否為原本《黃帝內經》，歷代都有爭論。特別是20世紀90年代，人們對此作了大量的考證，其中考證最全面者，當推趙明山教授。
趙氏認為，“目前我們只能以傳世本《素問》和《靈樞》作為考察對象，結合史誌、文物等來判斷其是否為《黃帝內經》，以及它的成書過程和年代。”趙氏從社會背景、科學技術、語言文字、史誌、著作、文物等來進行考證。最後認為“通過以上引述與論證，大體可知《素問》和《靈樞》保存了大量先秦古醫經的思想和材料，也匯集了不同醫學流派的理論，不同篇章的寫作年代也會有先有後，是經過長期積累，最後由壹人或幾個人進行整理、匯編為《素問》和《九卷》。”
趙氏還將醫經與經方篇數作了對比，認為《素問》和《靈樞》含量達162篇之多，肯定篇數多於18卷本的《黃帝內經》。整理修訂者完全可能把收集到的原為《黃帝外經》的內容，甚至扁鵲學派的著作《扁鵲內經》、《扁鵲外經》的內容，編入《素問》和《靈樞》之中，但改換了扁鵲等人的名字。劉澄中經考證，認為兩書中確有扁鵲學派的內容。
關於《黃帝內經》是否能獨存的問題，趙氏引述了廖育群的質疑。廖氏認為“《漢書·藝文誌》所載醫經、經方、房中、神仙四類醫籍，‘凡36家，868卷’，除今人所稱《黃帝內經》18卷外，全部蕩然無存。何存此書流傳至今，且保存得如是完好？”劉澄中則引述余自漢等語：“《方技略》的醫經和經方類著作不為東漢末的張仲景，以及西晉王叔和、皇甫謐所知這壹事實，清楚地說明：《方技略》的醫經、經方亡佚於王莽之末，或東漢末年的戰火。”據此筆者認為原本《黃帝內經》在戰火中能夠獨存的可能性是極微的。
綜合以上分析，我們可以認為《素問》和《靈樞》兩部書是戰國秦漢時代我國醫學之集大成者，是歷代醫學成就的全面總結。它倆的源頭包括了以《黃帝內經》為首的七家醫經在內，兩千年來中國醫學就是沿著《素問》和《靈樞》的道路不斷向前發展。《素問》和《靈樞》是我國最早的兩部傳世醫學經典，這也是兩書的歷史地位。這樣理解，並無損害《黃帝內經》的形象與名譽，何必維護與固守《黃帝內經》空名（無實物存在）呢？最近嚴季潤撰編的《十部醫經類編》，是以《素問》和《靈樞》為獨立的醫經入編。施杞教授主編的中醫藥系列叢書中由陳農編寫的首部即以“醫經”命名而不以“內經”命名，可見已有帶頭人。故筆者提出，應盡快恢復《素問》和《靈樞》應有的歷史地位。