治療原則：非淋菌性尿道炎確診後，采用廣譜抗生素療法，並且強調要連續不間斷用藥，要規則、定量、徹底治療。治療後10-20天復查再次均為陰性，並用臨床癥狀消失為治愈。本病治療時所需的療程較長。
(壹)西藥治療
1、目前對四環素、強力黴素、紅黴素已有不少菌株產生耐藥。新壹代合成抗菌藥喹諾酮類，不但對衣原體、支原體有效，對淋球菌也高度敏感。
(1)氟哌酸200mg,3/d***用14d。
(2)氟嗪酸200mg,2/d***用14d.
(3)環丙氟哌酸250mg,2/d，***用14d。
2、磺胺、利福平對衣原體有效，對支原體無效。
3、慶大黴素、新黴素、多粘菌素對衣原體無效。
4、鏈黴素、壯觀黴素對衣原體無效，對支原體有效。
5、四環素0.5g，4/d，***用7d，改0.25g,4/d,***用14d。
6、強力黴素0.1g,2/d，***用7d。
7、紅黴素硬脂酸鹽0.5g，4/d，***有7d。
8、紅黴素琥珀酸乙酯0.8g，4/d，***用7d。
9、美滿黴素0.2g即刻，0.1g，2/d，***用14d。
非淋菌性尿道炎中醫治療方法
中藥治療：
1、膀胱濕熱型：
組成：生地、木通、滑石、甘草、萆?、黃柏、澤瀉、梔子、路路通
主證：舌質紅，舌苔薄黃，脈滑，小便短赤而刺痛，排尿不利，尿道口紅，灼熱感，刺痛，刺癢，尿頻、尿急、尿痛、會陰、肛門、下腹部不適。
註意：尿痛劇加“石葦、蒲公英、紫花地丁”等，伴有小腹痛者加“川楝子、烏藥、白芍”等。
2、膀胱氣滯型：
組成：瞿麥、黃連、大黃、木通、桔梗、元胡、牽牛子、枳殼、羌活、麝幹、腹皮、當歸、肉桂
主證：舌苔薄而白，脈沈而弦，尿痛，排尿困難，淋漓不凈，會陰墜脹，小腹不適，附睪及前列腺部位，間斷性的疼痛。
註意：下腹痛甚者加“烏藥、桔梗、川楝子”，伴腰痛者加“牛膝、川斷、狗脊”。
3、膀胱寒濕型：
組成：山藥、小茴香、當歸、白芍、椒花、豬苓、澤瀉、白術、茯苓、桂枝
主證：舌苔薄白，脈沈而緩，體質虛弱，怕冷，尿頻，腰痛，排尿困難，淋漓不凈，尿痛、尿急、尿頻已不明顯，會陰墜脹，小腹不適等。
註意：食欲差伴胸悶、惡心者加“蒼術、陳皮、半夏”。
4、虛寒型脾、腎氣虛型：
組成：黨參、黃花、白術、甘草、當歸、柴胡、升麻、陳皮、澤瀉、車前子、萆?、烏藥、石菖蒲、益智仁
主證：舌體胖、舌苔淡白而膩，脈虛而遲，附睪及前列腺不適痛，尿濁遷延，點滴而出，白帶余瀝，尿微痛，會陰墜脹加重，下腹脹痛加重，腰酸腿困，四肢無力。
5、虛熱腎陰虛型：
組成：阿膠、滑石、生地、土茯苓、蚤休、銀花、紫花地丁、黃柏、知母、豬苓、肉桂
主證：舌體裂紋，舌尖紅，舌苔少或剝，脈細而數。尿道口紅腫，小便刺痛，刺癢等時輕時重，會陰墜脹加重，輸精管增粗，並發慢性前列腺炎及附睪丸，腰酸腿困，小腹脹墜，消瘦，手、足、心發熱，口幹，小便無力，尿頻，大便幹。
註意：疼痛甚者加：赤芍、元胡、桔梗、川楝子;輸精管增粗者加：海浮石、茜草;睪丸硬結者加：桔核、夏枯草、元參、澤蘭、紅花。
6、氣血雙虛型
組成：黨參、黃花、蓮肉、天冬、麥冬、生地、熟地、懷中膝、地骨皮、茯苓、車前子、炙甘草
主證：舌體胖而少津，舌薄，脈細軟遲弱，尿頻，淋漓不盡，外陰灼熱、癢，白帶多，異味濃，下腹墜脹，腰酸，面無光澤，心神不寧，乏力，四肢酸痛，便秘或稀，而局部癥狀更加嚴重。