脊髓空洞癥的原因有:
1，先天性發育不良。由於脊髓空洞癥常並發顱底凹陷、小腦扁桃體疝、脊柱裂、脊柱側凸等其他先天性異常，且常具有家族發病傾向，因此認為脊髓空洞癥與遺傳因素有關。
2.腦脊液動力學異常。脊髓空洞癥的病因和發病機制尚未統壹。顱頸交界區先天性畸形合並脊髓空洞癥在臨床工作中較為常見(最常見的畸形為小腦扁桃體疝)，脊髓空洞癥多見於頸段和上胸段脊髓。壹般認為小腦扁桃體疝造成該部位腦脊液循環不暢，導致脊髓損傷和脊髓空洞癥。此外，脊髓損傷和腫瘤可引起脊髓空洞癥。
3.血液循環異常。由於供應脊髓的血液循環異常，如脊髓前動脈受壓或脊髓靜脈回流受阻，導致脊髓內組織缺血、壞死、液化，最終形成脊髓空洞癥。
4.腦脊液動力學理論:有人認為由於第四腦室出口先天性閉塞，腦脊液循環受阻，腦脊液脈動壓力不斷沖擊中央椎管，導致中央椎管不斷擴張，最終形成空洞。
5.需要強調的是，脊髓空洞癥是壹種脊髓的管狀空腔，從頸部延伸到許多節段。應該算是和單純的脊髓中央管囊腫不同，腦積水更適合後者。這種疾病被認為是脊髓背中線畸形的結果。腔可與中央管相通，腔內壁可見室管膜細胞，囊內液體類似腦脊液。有人認為這種原因是膠質細胞增生，其中央部分壞死形成空洞。
6、脊髓空洞癥可繼發於脊髓損傷、脊髓神經膠質瘤、囊性病變、血管畸形、脊髓蛛網膜炎、脊髓炎伴中央軟化等疾病。
治療脊髓空洞癥的專家建議，可采用中醫辨證治療，其中孔康復湯是根據脊髓空洞癥的臨床表現，如肌肉萎縮，相應節段疼痛和溫度感消失，觸覺和本體感覺相應保留，肢體癱瘓，營養障礙等，可活血止痛，通脈透骨，迅速激活病變的缺血缺氧狀態， 改善脊髓病理性腫脹，減輕神經根壓力，同時脊神經修復酶可直達病竈。 快速修復受損神經細胞，興奮中樞神經細胞，消除和抑制炎性水腫，逐漸恢復觸覺，明顯改善患者疼痛、麻木、痙攣、僵硬、萎縮等癥狀，同時重新連接脊髓周圍神經，重建神經網絡。提高病竈內脊髓、骨骼、肌肉細胞的活性，增強供血供氧能力，滋養骨膜增強韌帶組織的彈性，從而增強機體免疫力。