由於牛奶中含有較多的無機鹽，如鈣、磷、鐵、維生素、蛋白質、氨基酸、脂肪等化學物質，容易與藥物反應生成穩定的鉻化合物或不溶性鹽，使藥物難以吸收。有些藥物甚至會被這些離子破壞，降低血液中的藥物濃度，影響療效；同時還會影響身體對牛奶的吸收，增加腸胃負擔。
牛奶和很多藥物是有相互作用的，也會起作用。它能在藥物和胃粘膜表面形成壹層薄膜。藥物經過薄膜消化吸收後，錯過了最佳吸收期，從而降低了藥物的吸收和療效。同時，牛奶可能與某些藥物發生化學或物理不良反應。牛奶中的鈣、磷、鐵容易與中藥中的有機物質發生反應，形成不溶性的穩定化合物，破壞了牛奶和藥物的有效成分。
牛奶不能和止瀉藥壹起服用，因為牛奶中的乳糖含量不僅會降低止瀉藥的療效，還會加重腹瀉癥狀。牛奶中的蛋白質還可與乳酸鈣、葡萄糖酸鈣、氫氧化鋁等鈣鋁制劑形成凝塊，加重胃腸道負擔，甚至導致膽結石、腎結石。
牛奶不能同時服用抗抑郁藥中的單胺氧化酶抑制劑，因為牛奶中富含酪胺。當這種酶被抑制時，酪胺會大量積累，導致血壓突然升高，心律失常，嚴重時甚至死亡。大部分中草藥和中成藥都不能和牛奶壹起服用。總之，最好不要同時吃奶。服藥與喝奶的時間間隔至少應在1小時以上，以避免相互作用，硬藥藥效，增加不必要的副作用。