雲南黃連屬於中國-喜馬拉雅特有種，分布於北起印度阿薩姆、中國西藏東南部的米什米什山區，南至中國騰沖北部、西北部的高黎貢山地區，其中米什米什山區位於中國西藏藏族自治區的察隅縣和中印兩國有邊界爭議的印度
高黎貢山東北部阿薩姆地區，本種的模式標本也采於此。高黎貢山是緬甸恩梅開江（伊洛瓦底江的上遊）與怒江（薩爾溫江的上遊）的分水嶺。怒江與瀾滄江分水嶺的碧羅雪山西坡和東坡的麗江、維西等地也有分布。
由於雲南黃連-直是當地各民族最重要的經濟來源之-，騰沖-度是當時流入東南亞和香港地區的名貴中藥“雲蓮”的集散地，在高黎貢山中部東坡、碧羅雪山西坡以及騰沖縣北部某些地段的常綠闊葉林和針闊葉混交林下，生長著雲南黃連野生栽培居群，估計不少於1萬畝，居群較大，植株矮小，地下營養繁殖體非常發達。這-地區的雲南黃連野生栽培居群源於100多年前由福貢縣的僳僳族從緬甸引入種植的野生黃連，以後-直都種養於類似該種在緬甸原生生境的常綠闊葉林下，極少進行人工管護和相應的栽培管理，產量很低，每畝只有3kg左右，由此可見，
真正的雲南黃連野生居群已不多見，而野生栽培居群卻保持有相當的數量，由於近得到了有效保護，其歷史悠久的種植模式和存留的個體，是科學地進行保護和持續利用研究的重要線索和寶貴的種質資源。