口服藥物主要有伊曲康唑、間歇性休克療法或特比萘芬片，療程為三到六個月。外用藥主要有冰醋酸溶液、碘酊或阿莫魯芬搽劑等，外用於患處，每日兩次，持續三至六個月，直至長出新指甲。
治療灰指甲最好的藥膏是鹽酸阿莫多芬搽劑。壹般每周用1-2次。使用前，要用藥盒裏的指甲刀打磨病甲。註意不要和普通指甲刀壹起使用，以免交叉感染。然後用棉簽把指甲擦幹凈，從藥瓶裏拿出搽劑塗在病指甲上。患者通常需要使用手指甲6個月，腳趾甲9-12個月。患者也可以選擇伊曲康唑和特比萘芬軟膏進行治療。治療期間避免使用指甲油，每3個月觀察壹次治療進展，在醫生指導下用藥。
灰指甲就是醫學上所說的灰指甲或者甲癬。其治療主要采用口服抗真菌藥物，如伊曲康唑膠囊、鹽酸特比萘芬片和其他抗真菌藥物，如氟康唑和灰黃黴素。它們的抗菌譜不同，殺菌效果也不同。保險起見，可以選擇抗菌譜廣的藥物，如臨床上廣泛使用的伊曲康唑膠囊。其口服方法壹般包括兩種，沖擊療法和常規療法。壹般選擇沖擊療法進行治療，這樣對肝臟的影響可以小壹些，也可以減少壹些副作用，即每月服用1周，持續三周，三至四個月為壹個療程。用藥期間要監測肝功能，因為所有抗真菌藥物都有壹定的肝損害。