中藥材生產質量管理規範的重要內容就是中藥材種植過程中的無公害化，提倡使用生態肥料和生物農藥，以保護環境，使中藥材生產與生態環境協調發展。
生態肥料具有緩釋性、持效性、無殘留、無汙染；養分全面均衡、按比例逐步釋放；能提高藥材品質、改善外觀；不破壞土壤物理化學結構、不板結土壤，能提高土壤有機質含量，保持土壤最佳的養分動態平衡，培肥土壤，使得土壤保水、保肥和透氣性能改善，過濾和降解土壤中的有毒有害物質；有利於土壤微生物區系的生存繁衍，促進土壤微生態良性循環等。生態肥料主要有：農家肥、綠肥、菌肥、葉面肥、餅肥、腐植酸類肥料、動物性雜肥、沼氣發酵殘渣以及發酵工業廢渣等。現簡要介紹如下：
（1）農家肥 是壹種天然、優質、高效的有機生態肥料，來源方便、豐富，既能均衡供應養分，又能改良土壤結構，提高品質，不汙染環境。包括人畜糞尿、廄肥、土雜肥等。使用前壹定要漚爛，充分腐熟，最好作高溫堆肥以殺滅各類病原菌，使用更安全。
（2）綠肥 可使土壤的保肥透水性加強，耕作性變好，加速土壤熟化，減少土壤養分損失，在貧瘠土壤、鹽堿土上施用綠肥，效果更加明顯。為加速綠肥分解，提高肥效，可事先進行堆制或漚制。應註意控制施用量，提高耕種質量或提前進行堆制、漚制後再使用。
（3）菌肥 即微生物肥料，是含有大量活性有益微生物個體的生物肥料。菌肥在應用時不能與抗菌素混合使用。可做基肥、種肥等，主要有：
① 復合菌肥 為含有幾種甚至幾十種有益微生物的混合生物肥料，能適應不同地區、氣候、土壤條件，擴大和提高菌肥效果。凡是沒有生物拮抗作用的菌肥都可組成復合菌肥使用，如五四○六復合菌、EM菌液、增產菌等。在實際應用時還應適當與其它肥料搭配使用，特別是其它有機肥料的搭配，才能起到好的效果。
② 抗生菌肥料 是指含有活性抗菌微生物，同時能促進土壤中養分轉化的微生物制劑。如五四○六菌肥，能分泌激素類物質，加速土壤中氮、磷的轉化，殺死有害病菌，使植物增產10%～25%。可作基肥或追肥，浸種與沾根等方法均可，也可與其它有機肥堆制發酵或與菌肥混合使用，以提高肥效。
③ 根瘤菌劑 大多數豆科植物的根上都長有根瘤，瘤內長有根瘤菌能固定大氣中的氮素營養豆科植物。施用根瘤菌劑是為了增加土壤裏的根瘤菌量，使每棵豆科藥用植物的根都能受根瘤菌的侵染，而形成根瘤，並大量固定空氣中的氮素，營養自己。但應該註意，根瘤菌都有壹定的專壹性，不能亂用。隨便亂用就不能產生根瘤。因豆科的藥用植物很多，它們的根瘤菌各不同。所以，使用時應先看菌劑說明書，選擇相應的根瘤種族才能奏效。如使用黃芪根瘤劑，可使黃芪增產10%～40%，品質大大改善，壹般作基肥、種肥、潑澆使用，每667米2活菌使用量在1000億～2000億個。
另外，菌肥還有固氮菌劑、鉀細菌肥料、磷細菌肥料等。
（4）葉面肥 種類多，大多為無機型，少量是有機型如氨基酸、腐植酸等，能起到植物根系施肥所起不到的作用。使用時要嚴格控制濃度，以免灼傷葉片，通常濃度在0.001%～1%之間。在植物生長需肥高峰期和最大生長期或缺素狀態下使用，且要連續噴施幾次，可以與其它農藥同時噴灑。
（5）餅肥 是壹種肥效高、長效的有機肥，適用於各種土壤和植物，生產中多用在經濟價值較高的植物上如中藥材，可作基肥或追肥，用前盡量粉碎。未發酵腐熟的餅肥應避免與種子直接接觸，否則影響發芽。