首先，功效不同
1.亞麻籽，即亞麻子，又稱胡麻子、亞麻仁，是亞麻科植物亞麻的幹燥成熟種子。中醫認為亞麻子味甘、性平，歸肝、肺、大腸經；具有養血祛風、潤燥通便的功效；可用於治療麻風，皮膚幹燥，瘙癢，脂溢性脫發，瘡瘍濕疹，燙火傷，腸燥便秘，以及咳嗽氣喘等病癥。
2.苦蕎米適合苦蕎是自然界中甚少的藥食兩用作物，據《本草綱目》記載：苦蕎味苦，性平寒，能實腸胃，益氣力，續精神，利耳目，煉五臟渣穢。在《千金要方》、《中藥大辭典》及相關文獻中對苦蕎都有記載：可安神、活氣血、降氣寬腸、清熱腫風痛、祛積化滯、清腸、潤腸、通便、止咳、平喘、抗炎、抗過敏、強心、減肥、美容等功效。
外形不同：
兩者形狀差別也很大，1.苦蕎系二年生草本，高達1.5米;莖直立，多分枝。基生葉寬倒卵形，長23-25厘米，寬18-20厘米，頂端圓形，基部楔形，邊緣有大小不等的牙齒或重鋸齒;莖上部葉寬線形，基部漸狹，全緣;所有葉皆無毛，帶粉霜，少數有剛毛。
2.亞麻籽呈扁卵圓形，壹側較薄，壹端鈍圓，他端尖，並歪向壹側，長約4～6毫米，寬約2～3毫米，厚約1.5毫米。表面棕色，平滑而有光澤；擴大鏡下可見微小的凹點，種臍位於尖端凹入部分，種脊淺棕色，位於壹側邊緣。種皮薄，除去後，可見棕色薄膜狀的胚乳，其內面有2片壹面平、壹面突起的大形子葉，黃色，富油性，胚根朝向種子的尖端。