中醫是如何運用各種內服、外用藥物，來預防疫病的。
藥物預防是關鍵
對於疾病的預防，除做好隔離並保持良好的環境、個人、飲食衛生習慣以外，尚需重視藥物預防。
中醫的藥物預防不僅僅是針對病源采取祛邪的方法治療，而是強調重在扶正預防。
隋?巢元方的《諸病源候論》“人感乖候之氣而生病，則病氣轉相染易，乃至滅門，延及外人，故需預服藥，及為法術以防之。”，中醫古代醫家采用內服中藥對傳染病進行預防外，尚有用藥粉搽拭全身、佩戴、屋裏懸掛或燒熏等多種方法。
1.口服中藥預防疫病
中醫在預防疫病時，既註重祛邪，又註重扶正。這種哲學思想體現在預防藥物的有機配伍上。《素問遺篇》載：“小金丹......服十粒無疫幹也。晉?葛洪著《肘後救急方》，書中介紹霍亂、瘧疾等諸多傳染病，在書中列40余首防治方藥，首創用青蒿治瘧，用於預防瘟疫的藥有蒜、烏梅等，特別介紹以瀉下為主的預防方藥。葛洪指出：“家人視病者，可以先服取利，則不相染易也。”葛洪用柏枝散預防疫病流行（《刪繁方》亦用之），並強調常服熬豉、新米、酒漬、以斷溫病，令不相染。《肘後備急方》避瘟疫藥幹散（大麻仁、柏子仁、幹姜、細辛、附子）等方劑來預防疾病。《千金要方》斷瘟疫用赤小豆丸方（赤小豆、鬼臼、鬼箭、丹砂、雄黃）。
《延年》主辟瘟疫疾惡氣，令不相染易用豉湯方（豆豉、伏龍肝、童便）。明?張景嶽的《景嶽全書》則用“福建茶餅“於口腔消毒，以防病從口入”。
到了清?俞茂鯤所著的《痘科金鏡賦集解》中完整記載：
明代隆慶年間（1567~1572），安徽省太平縣的民間醫生，把輕癥天花病人的痘疹接種於健康人的鼻內以獲得免疫力，名為“鼻苗”，是“最早的民間人痘接種術”（黃山市歷史）。
英國醫生真納氏直至1772年才發現接種牛痘的免疫法。在服法上，強調在疫病流行期間要“朝朝服”、“月月朔望服”、“舉家（各）服”。
這不僅強調了服藥的時間--疫病流行時，每日、每月，而且強調了服藥人數的廣泛性。
2.飲藥酒防疫
《肘後備急方》飲屠蘇酒記載：“辟疫氣令人不染溫病及傷寒”。方中用大黃、白術、桂心、桔梗、蜀椒、烏頭、菝葜等藥制成。並提出：“飲先從小起......壹人飲壹家無疫，壹家飲壹裏無疫，飲藥酒得三朝，還滓置井中......當家內外有井，皆悉著藥辟溫氣也”。《小品方》記載的正朝屠蘇酒法預防瘟疫、《備急千金要方》書中的屠蘇酒、《外臺秘要》所轉引的《肘後》屠蘇酒、《壽世保元》記載的屠蘇酒、《松峰說疫》屠蘇酒等都是壹樣的。
可見，屠蘇酒對於預防疫病具有很好的作用。
3.藥粉塗抹全身預防疫病
《肘後備急方》、《備急千金要方》皆記載用雄黃散--辟溫氣方塗五心、額上、鼻人中及耳門預防疫病。《肘後》記載了“姚大夫，避溫病粉身方--川芎、白芷、槁本（各等分）上三味治下篩，納（米）粉中以塗粉於身。”《備急千金要方》稱此方為粉身散。明清之際喜用雄黃酒外塗，亦有較好效果。
4.懸掛、佩戴、燒熏藥物避疫
《延年秘錄》、《備急千金要方》記載用桑根懸門戶上，同時讓人佩戴來預防瘟疫。《肘後方》記載了早晚及半夜，在戶前用微火燒殺鬼燒藥方的防疫方法。首載用太乙流金方、虎頭殺鬼方的辟溫氣方。方以雄黃、雌黃為主藥研末，絳袋盛，佩戴於身，並掛門戶上。若逢大疫之年，要在中庭燒之。溫病人亦燒熏之。此方皆被《備急千金要方》、《外臺秘要》轉載。另外，尚有《肘後方》的“女青屑”系戶上賬前、馬蹄末搗屑佩戴。
《胡冷方》用七味殺鬼丸、《備急千金要方》用十七味殺鬼丸，在辟溫處燒之，殺鬼去惡毒氣。若大疫家可燒，並帶行。《本草綱目》等書中多處記載，凡疫氣流行，可於房內用蒼術、艾葉、白芷、丁香、硫磺等藥焚燒以進行空氣消毒辟穢。