中藥種子也是根據產地的氣候條件要求不同的發芽溫度。在較低溫度(15攝氏度)下發芽良好的物種有土荊芥、荊芥、夏枯草、Ami、明黨參、紅花、牛蒡、天南星、元寶楓、蕓香、葫蘆巴、鴨跖草和十大功勞。在較高溫度(30攝氏度)下，鳳仙花、玄參、水母雪蓮、檾麻、黃蜀葵、穿心蓮、連翹、赤小豆、望江南、栝樓、絲瓜、益母草、蘆筍、澳洲茄、薄荷、糖芥、辣蓼和徐長卿發芽良好。
龍芽草、地榆、委陵菜、茜草和石竹在大約25攝氏度的中等溫度下發芽良好。能在15 ~ 30攝氏度範圍內良好萌發的種子有大黃、地膚子、牛膝、白芥子、菘藍、黃芩、益母草、東紫蘇、石竹、柴胡、沙苑子、補骨脂、除蟲菊、玉簪、亞麻、辣椒、羅布麻和梔子。還有很多中藥種子恒溫發芽不良，但壹旦放在晝夜變溫的條件下，發芽率會大大提高，如東莨菪堿、酸醬、曼陀羅、毛茛、黑唐松草、黃腳雞、倒鐘花、白菜、墨旱蓮、射幹、喜樹、香樟、薯蕷、塔利木、馬利筋等。
了解中藥種子發芽的溫度要求是非常重要的。比如壹些發芽溫度要求高的種子，如果播種過早，種子會在土壤中吸水膨脹，呼吸作用會消耗養分。但由於溫度不足，它們長時間不能發芽，在土壤溫度升高時會消耗大量養分，導致幼苗生長乏力。同樣，有些適合低溫發芽的種子，如果播得太晚，也會因為溫度太高而發芽不起來。