按藥物的性味功能編排
醫生處方遣藥善將性味功能相似的藥物合用，如治風寒感冒的麻黃、桂枝、荊芥、防風，治風熱感冒的薄荷、牛蒡子、菊花、桑葉，常常在同壹張處方中出現。如將同類藥物編放在壹起，便於醫藥人員拿取。性味功能相反的藥要分別編排，更不能放在壹個抽屜裏，如牛膝與地榆，行血與止血性能各異，分開存放可避免混拿。
按常用湯頭編排
臨床常用湯頭僅七、八十個，中醫處方常按湯頭加味，為了便於調配，可將其中的藥物集中存放，如黨參、白術、茯苓、甘草(四君子湯)和川芎、熟地、當歸、白芍(四物湯)等。
按藥材質地編排
質地堅硬、比重大的礦石類藥物，如石膏、龍骨、牡蠣，宜放在藥櫥下部；根、莖、果實類藥物，宜放於藥櫥中部；質地松軟的葉、花類藥材，宜放於藥櫥上部。這樣，既減輕了藥材對藥櫥的壓力，同時又便於醫藥人員尋找。
上述三類編排法可相互結合運用。此外，外形和顏色相似的藥物不宜存放在壹個抽屜內，如桃仁與杏仁；特殊藥物應特殊編排，如青黛、冰片宜存放於瓷壇內；貴重藥品如三七、西洋參、阿膠，應妥善保管；劇毒藥品應專人專櫃嚴格保管。
鬥譜是指藥物按照壹定順序排列在藥鬥櫥內的排烈方法。目前比較常用的鬥譜有以下兩種：
1、按入藥部分排列：將藥物按其入藥部分分為根、莖、葉、花、果實、種子、動物、礦物等若幹類，每類藥材按壹定順序排列在格鬥內。這壹種鬥譜的特點是分類清楚，配方人員接到處方後，便能知道每壹味藥的的大概位置所在，無需到處尋找。適用於業務量小，藥物品種少的中藥房。
2、根據臨床用藥情況，將藥物分為常用藥、次常用藥和不常用藥，並結合各種藥物的性狀、顏色、氣味、作用特點等分成幾類。常用中藥裝入最近的中層藥鬥，不常用的裝入最遠處或上層，次常用者裝在兩者之間，質重的礦石類藥物宜裝在下層藥鬥內，輕而量多的藥物裝入大藥鬥內。
藥鬥(格鬥)配伍，是指將外形或顏色、性狀、作用相近，經常在同壹張處言上出現的藥物，裝在同壹藥鬥的前後或相近藥鬥中，便利調配，並免除不同藥物的相互串味，妨礙質量和療效。在編排鬥譜時，亦須結合本地區的用藥習慣，以期合理。
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