明代的皇宮金碧輝煌，大殿金碧輝煌。始建於元鄭智二十六年(1366)，明洪武十年(1377)重修。它曾是明朝洪武、文健和永樂的宮殿。直到明朝永樂十九年(1421)明太祖朱迪遷都北京，南京故宮的使命才正式結束，但仍有皇室和重要官員駐守，地位舉足輕重。
明代紫禁城多次被毀，現僅存部分地面建築、地下石柱等遺存1958，列為江蘇省重點文物保護單位。2006年，國務院批準為全國重點文物保護單位。
南京故宮建於元鄭智二十六年(1366)，地址位於元代慶忌市外滿郊區(即南京市中心以東)。原為“吳王新宮”，後稱皇城。由於朱元璋當時還未稱帝，新宮規模有限，只有中路的外院和內院建築，東西兩側的空地沒有建宮殿。新宮殿東西寬790米，南北長750米。它有四個門，即南面的午門、東面的東華門、西面的西華門和北面的玄武門。午門入口為奉天門，正殿為奉天殿，殿前左為文樓、武樓。在那之後，是蓋華大廳，在那裏妳被授予榮譽。故宮有幹青宮和坤寧宮，還有六物宮。
洪武元年(1368)，朱元璋即位為帝，以應天府為南京，開封為北京，次年在鳳陽建中都城。由於人力物力全部集中在中都城和宮殿的建設上，南京宮的擴建再次終止。在隨後的幾年裏，只對現存的宮殿進行了必要的維修。
洪武八年(1375)，朱元璋放棄了建中都的計劃，專心建南京。在這次修建中，增設了午門左右兩個城門，奉天門左右兩個東西角門，並增設了文化殿、武英殿等建築。洪武二十五年(1392)再次修建，在皇城外加建宮墻，以新墻為皇城，原皇城改名為宮城。宮城前修端門、承天門、金水橋，形成丁字廣場，向南至1373修建的洪武門。廣場東側有五部(刑部在皇城北面的緊急出口外)，西側有五個武將府。[6]
南京紫禁城建造過程中，以紫金山的傅貴山為依托，重視風水問題。但由於選址的限制，故宮建在被填平的燕雀湖上。雖然通過打木樁、鋪石塊、用石灰混凝土搗固等方式對地基進行了加固，但時間長了地基下沈的問題還是發生了，宮內容易形成漬水，排水困難。同時，宮城離外城太近，戰時不易防守。[6]
南京故宮衛星復原圖
朱元璋死後，朱元璋的孫子朱允炆繼位，引起了朱元璋第四子、燕王朱迪的不滿，以進京剿滅奸臣為名，入侵南京。經過四年戰亂，文健四年(1402)，燕王朱迪攻入京師，結果“京師失陷，宮室失火”，燒毀奉天殿等宮殿，皇帝文健及其後妃也被燒死(壹說逃往南方)。
朱迪即位後，仍住在南京故宮，但同時下令遷都北平(今北京)。永樂十八年(1420)，北京紫禁城落成，次年朱迪遷都北京。之後，南京故宮不再使用，但仍作為居住宮殿使用，由皇室和內部官員管理。幾百年後，風雨侵襲，自然破壞也很嚴重。比如明英宗正統十四年(1449)，夏、六月間下了壹場雷雨，神參和蓋華的寺廟遭雷擊起火。憲宗成化二十壹年(1485)五月，“南京大風連根拔起祠堂樹，毀大祭堂、皇城獸吻”。世宗嘉靖元年(1522)“秋七月，風雨交加，河水泛濫，郊陵城墻盡壞。”到公元1644年，李自成率領農民起義軍攻陷北京，崇禎皇帝的弟弟朱友松逃到南京，延遲了南明王朝的建立。明故宮破敗不堪，朱友松只能在南京，也就是皇帝位於武英殿，因為金禧殿沒了。
崇禎十七年(1644)，斧王、朱友松在此即位，壹度建立南明政權。此時，明故宮大部分寺廟已經倒塌，南京的祠堂早已被燒毀。朱友松進行了壹些修復工作，修建了奉天門、慈禧堂等建築。
清朝滅南明後，南京改為江寧，明朝皇城改為八旗駐防城，都統將軍和第二衙門設在明故宮博物院，從太平門到通濟門築墻隔離。明故宮的建築遭到了嚴重的破壞。
南京故宮模型(南京博物院展品)
康熙年間，明故宮的石雕被用來建造普陀山寺廟。公元1684年，康熙皇帝第壹次南巡，到達江寧(南京)。當他看到破敗的“明皇宮”時，深受感動，在《論過金陵》壹文中寫道:“妳講紫禁城的故事，有許多美景。以前鳳凰雄偉，現在毀了！.....過了城，巷子裏舊觀念沒變，宮裏沒人。看到這裏，我不能不感嘆吳宮的花草和晉朝的衣裳！”可見此時的明朝紫禁城是相當荒涼的。
太平天國攻陷南京後，並沒有將明故宮作為宮殿的基址，而是在城內選擇了壹個新的地點修建了新的宮殿，在這裏從明故宮中搬走了大量的石頭和磚塊。到太平天國滅亡的時候，明朝紫禁城的宮殿和城墻已經基本消失。[6]
清朝鹹豐、同治年間，由於太平軍與清軍的戰鬥運動，明朝紫禁城又遭受了壹次大的破壞，除了埋在地下的石構件地基，只剩下壹片瓦礫、蛇鼠。1911年，英國人Fares還從明宮遺址上拆下了7件石雕和3對石獅，運到下關的揚子飯店進行裝飾。
民國時期曾計劃以明故宮為中央行政區，但由於財力和戰爭原因，該計劃未能完全實現。明宮舊址內僅建有中國國民黨中央監察委員會和中國國民黨中央黨史資料陳列館。1929年，為迎接孫中山先生的靈柩安葬中山陵，新建的中山東路從明故宮博物院廢墟中穿過，將其分為兩部分。到了民國後期，明朝的紫禁城已經變成了壹個小機場。
1949南京壹解放，劉伯承、陳毅等同誌就邀請有關專家學者進行討論，征求保護意見。與會者壹致認為，這是中國歷史上明故宮的重要遺址，應該得到保護，因此他們決定就地掩埋約350根石柱，並將其埋在道路北側的中軸線及其兩側。中山東路北側約60萬平方米土地將被打造成南京軍區訓練場進行保護；以及被英國票價搶到下關揚子飯店的石雕被運回現場整修。
1956 10，明故宮博物院遺址公布為江蘇省重點文物保護單位；1991年，明故宮遺址公園正式對外開放；2000年，省大劇院搬遷，另建。公園重建後，作為南京市第壹批免費公園重新開放。2006年，明故宮博物院遺址正式升級為全國重點文物保護單位。
2011年後，南京市政府對明故宮遺址進行了新的保護和利用方案的規劃和論證，將其打造成國家級遺址公園。