為了有效控制藥品的儲存質量，藥品應根據其質量狀態進行管理，為防止庫存藥品的儲存錯誤，必須對庫存藥品實施色標管理。
藥品質量狀態的顏色標準是:
合格藥品——綠色；不合格藥品——紅色；質量狀況不明的藥品。
根據倉庫管理的實際需要，倉庫管理區域顏色編碼的統壹標準為:待檢藥品倉庫(或區域)和待退藥品倉庫(或區域)為* *；合格藥庫(或區)、中藥飲片稱取庫(或區)、待發藥品庫(或區)為綠色；不合格藥品庫房(或區域)為紅色。三色標誌以背景色為基礎，文字可以用白色或黑色表示，防止色碼混淆。
(2)搬運和堆放要求
應嚴格遵守藥品包裝示意標誌的要求，規範操作。怕壓的藥品堆放高度要控制好，防止包裝盒被擠壓變形。藥品應按品種和批號相對集中堆放，分開堆放。不同品種或同壹品種不同批號的藥品不得疊放在壹起，以防錯發和混發事故。
(3)藥品堆放距離
藥品堆與庫房之間的地面、墻壁、天花板、散熱器之間應有相應的間距或隔離措施，並設置足夠寬度的貨物通道，防止庫房內設施影響藥品質量，保證倉儲和維護管理的有效開展。藥品堆放的距離要求為:藥品與墻壁、藥品與屋頂(梁)的距離不得小於30cm，藥品與倉庫散熱器或暖氣管道的距離不得小於30cm，藥品與地面的距離不得小於10cm。此外，倉庫之間的主通道寬度不應小於200 cm，輔助通道寬度不應小於100 cm。
(4)分類存儲管理
企業應當有與藥品分類管理相適應的倉庫，根據藥品的管理要求、用途和性質分類存放。可存放在同壹倉庫，但應分開存放在不同位置的藥品有:藥品和食品、保健品等非藥品，內服藥品和外用藥品。應專門庫存且不得與其他藥品混放在同壹倉庫的藥品包括:易臭藥品、中藥材、中藥飲片、特殊管理藥品、危險品。
(5)溫度和濕度條件
藥品應按溫濕度要求存放在相應的倉庫內，藥品經營企業的各類藥品倉庫應保持恒溫。對每種藥品，應按藥品上標明的貯存條件要求，分別貯存在冷藏(2-10℃)、冷藏(20℃以下)或常溫(0-30℃)中，各倉庫相對濕度應保持在45%-75%之間。
企業設定的冷藏、冷藏、常溫儲存所要求的溫度範圍，應當以保證藥品質量、滿足藥品規定的儲存條件為原則，科學合理地設定，即所處理的藥品應當標註在何種溫度、濕度下，企業應當設立具有相應溫度、濕度範圍的庫房。如果經營標簽是儲存在15-25℃的藥品，企業應在15-25℃設立恒溫倉庫。
標有兩種或兩種以上不同溫濕度儲存條件的藥品，壹般應儲存在溫度相對較低的庫房內。例如，如果壹個藥品標誌的儲存條件為:20℃以下3年，20-30℃下1年，則該藥品應儲存在陰涼的倉庫中。
(6)中藥材及中藥飲片的貯存
應根據中藥材和中藥飲片的性質設置相應的儲存倉庫，合理控制溫濕度條件。易蟲蛀、黴變、油膩、變色的品種，應設置密封、幹燥、陰涼、清潔的庫房；業務量小、易變色、易揮發、易融化的品種，應配備冰箱、冰櫃等儲存設備，避光、避熱。
對有毒、麻類中藥，應專人、專帳、專庫(或櫃)、雙鎖保管。