中國中藥協會直接受國家民政部監管和督查，同時也受廣大人民群眾、各方媒體和各個檢察機關的監督。
民政部在公告中指出，鑒於中國中藥協會連續2年年度檢查基本合格，同時受到民政部作出的警告並處沒收違法所得的行政處罰，現決定將中國中藥協會的評估等級由4A級降為2A級，在此次被降級的社會團體中唯壹壹家被兩降兩級的社會團體，足以說明中藥協會肯定存在違規違紀行為，對社會產生不良的影響。民政部表示，被降低評估等級的社會組織須在收到通知書之日起15日內將原評估等級證書、牌匾退回民政部，換發相應的評估等級證書、牌匾。拒不退回(換)的，由民政部公告作廢。
對於鴻茅藥酒的事件，最早提出質疑的是壹位廣州的醫生，廣州醫生譚秦東發帖質疑鴻茅藥酒虛假宣傳，但是他卻因為涉事企業以其惡意抹黑為由報警，譚秦東後被警方抓捕問責，此事件當時在線上線下都引起了巨大的爭議，其中的利害關系也不得而知，直到後來鴻茅藥酒被曝光出現虛假宣傳，並且被有關部門證實，中國中藥協會的聲譽壹路下跌，讓人無法信服。中國中藥協會對於?鴻茅藥酒事件?也公開正式的發布致歉函稱，在社會公眾輿論中的影響認識不足，接受各方批評指正，決定撤銷本次表彰，糾正錯誤，規範管理。
中國中藥協會還授予鴻茅藥業等20多家企業?2018年度中國中藥行業社會責任明星企業?榮譽稱號，授予19名企業相關負責人?2018中國中藥行業履行社會責任年度人物?榮譽稱號，授予企業和榮譽如此之多，含金量到底禁不禁得住保證呢？後來被媒體曝光後再次引起社會質疑。
民政部監督和督查中國中藥協會的日常工作，社會媒體和人民群眾負責監督。