以根皮入藥，稱牡丹皮，又名丹皮、粉丹皮、刮丹皮等，系常用涼血祛瘀中藥。李時珍謂：“牡丹以色丹者為上，雖結籽而根上生苗，故謂之牡丹”，還認為野生單瓣者入藥為好，人工為觀賞栽培的重瓣者氣味不純，不可藥用。
丹皮性微寒，味苦、辛。歸心、肝、腎經。清熱涼血，活血化瘀。用於溫毒發斑、吐血衄血、夜熱早涼、無汗骨蒸、經閉痛經、癰腫瘡毒、跌撲傷痛等證。現代研究表明，牡丹皮有抗菌、抗炎、抗過敏、抗腫瘤、止血、祛瘀血、清熱解毒、鎮靜、鎮痛、解痙等活性，還能促進單核細胞吞噬功能，提高機體特異性免疫功能，增加免疫器官重量。應用時應註意，血虛有寒，孕婦及月經過多者慎用。牡丹花含黃芪苷，除觀賞外還可入藥，用於調經活血。
二、牡丹花瓣用途：
牡丹花有調經止痛 牡丹花性平而人肝、脾二經，能調 理氣機，疏利肝經，運牌化濕而益氣血生化之 源，因此能平調婦女經血而止經期腹痛；還能通經絡，利關節，常用 作關節痹痛、屈伸不利、婦女經閉腹痛等病癥的輔助治療食品。
牡丹花提取的黃酮、精油具有美容之功效，可做化妝品。
亦可入饌，炸、燒、煎或做湯等皆成美味。牡丹花瓣還可蒸酒，制成的牡丹露酒口味香醇。
三、牡丹莖、葉用途：
可以治療血瘀病。
四、種子用途：
油用牡丹的種子含有大量油脂，可以用於榨油。牡丹籽油的不飽和脂肪酸含量90%以上，尤其難能可貴的是，多不飽和脂肪酸-亞麻酸含量超過40%，是橄欖油的40倍。