指導意見明確，嚴禁向科室和醫務人員下達創收指標，醫務人員個人薪酬不得與藥品、衛生材料、檢驗檢測等業務收入掛鉤。
四川省人民醫院泌尿外科主任醫師王東說:“只有把大處方、大檢查作為醫生收入的指標，鼓勵外科醫生做大手術、高難度手術，鼓勵醫師通過診斷攻克疑難雜癥，才能真正體現醫生的價值。"
上海市衛生計生委醫改辦相關人士表示，薪酬改革是醫改的關鍵環節。上海正在完善市屬醫院醫務人員績效工資方案，通過工資制度改革防止醫療行為扭曲。
“以藥養醫”的機制被打破後，醫院的收入差距將如何彌補？記者在廣東等地采訪了解到，公立醫院因取消藥品加成產生的合理收入，按照醫療服務價格調整80%、財政專項補償10%、醫院自行消化10%的原則進行補償。
湖南省兒童醫院副院長李愛琴表示，由於“醫改”涉及多方利益調整，牽壹發而動全身，必須堅持醫保、醫療、醫藥“三醫聯動”，才能避免“單兵突進，顧此失彼”的尷尬。
壹些公立醫院反映，藥品改革後收入大幅下降，可能會影響醫生的待遇。李愛琴說，實行藥品“零差價”後，醫院藥品收入下降，部分醫院政府補貼不到位。醫院藥品“零差價”後要拿錢“補充”損失的收入，很難提高醫生的待遇。
湖南省人民醫院副院長向華建議，建立健全財政投入的長效機制，提高醫務人員待遇，規範其行為，提高公立醫院薪酬支出比例，保障醫務人員工資待遇。