1、來源不同：
紅芪為豆科植物多序巖黃芪的幹燥根，又名“川芪”；而且紅芪由於產地不同，可分為四種，除多序巖黃芪外，還有北部產西康巖黃芪、太白巖黃芪、山西巖黃芪，以甘肅產的多序巖黃芪為紅芪的主流品種，質量最佳，應用也最久。
黃芪為豆科植物蒙古黃芪或膜莢黃芪的根，以蒙古黃芪質量為佳。
2、外觀不同：
紅芪的主根粗長,外皮表面灰紅棕色，紅芪栓皮易脫落，常露出淡黃色皮部及纖維，斷面纖維性，色淺，富粉性。
黃芪表面為淡黃棕色或淡棕褐色，質硬而韌, 有明顯的皺紋，斷面色黃白,帶粉性。
3、化學成分不同：
紅芪化學成分主要是黃酮及類似物、紅芪多糖、β-谷甾醇、有機酸以及含有18種氨基酸、21種微量元素等眾多活性物質。
黃芪化學成分主要是黃酮類、皂苷類、黃芪多糖，還含氨基酸和微量元素。
擴展資料：
識別真假黃芪：
1、外觀呈圓柱形，極少有分枝，上端較粗，下端較細，兩端平坦，30～90厘米，壹般在頂端常帶有較粗大的根頭，並有莖基殘留；
2、表面灰黃色或淡棕褐色，整個體表有不整齊的縱皺紋或縱溝，有橫向皮孔，細長，略突起；
3、質硬略韌，不易折斷，堅實而有粉性。斷面纖維性甚強，呈毛狀，皮部黃白色，有放射狀彎曲的裂隙，較疏松，木質部淡黃色至棕黃色，有多少不等的放射狀彎曲的裂隙，老根斷面木質部有時枯朽而呈黑褐色，甚至脫落而成空洞；聞之氣微，口嘗微甜，嚼之微有豆腥氣味。
另外，現代藥理研究表明，黃芪有較強的利尿作用，臨床用於治療慢性腎炎蛋白尿及糖尿病有較好的療效；動物試驗可起到增加體重、延長耐力的強壯作用，而偽品不具備上述功效，不可代替黃芪使用。
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百度百科-黃耆 （黃耆）
人民網-識別真假黃芪