1人體感染支原體、衣原體時，產生特異性免疫，但這種免疫較弱，持續時間短。因此，支原體、衣原體感染容易造成持續性、反復性、隱性感染。
2.在細胞免疫方面，大部分活動性治愈衣原體患者在給予相應抗原皮內註射時，常引起遲發性過敏反應。這種過敏反應可以通過淋巴細胞被動轉移。這種免疫可能是由T細胞介導的。
體液免疫中，支原體和衣原體感染後血清和局部分泌物中出現中和抗體。中和抗體可以阻止衣原體吸附到宿主細胞上，也可以通過條件作用增強吞噬細胞的攝取。
支原體和衣原體可通過性接觸、手、眼睛、毛巾、衣服、洗澡、廁所、遊泳池傳播。與多人發生性關系，患尿道炎的人和衛生習慣差的人都容易被感染。因此，預防感染的關鍵是潔身自好，做好個人衛生保健。